Кафедра оперативной хирургии и топографической анатомии была основана в 1945 году на клинической базе железнодорожной больницы. Первым заведующим кафедрой был к. м. н., доцент Алексей Троицкий (1945–1949), бывший военный врач, работавший ранее хирургом в различных госпиталях Советской Армии.
В период 1950–1955 гг. пост заведующего кафедрой занимал профессор Савелий Рубашов, заслуженный деятель науки Белорусской и Молдавской республик, прославленный хирург, рядом с которым работали кандидаты медицинских наук, доценты Идель Лернер и Михаил Щербаков.
В период с 1956 по 1987 гг., во главе кафедры находится профессор, заслуженный деятель науки Республики Молдова, доктор медицинских наук, профессор Валентина Парфентьева, представитель знаменитой Санкт-Петербургской школы топографической анатомии и оперативной хирургии.
В 1966 году при кафедре основан курс топографической анатомии и оперативной хирургии факультета усовершенствования квалификации врачей (зав. – к. м. н., доцент Николай Фрунташу). В 1962–1965 гг. подготовка врачей шла вместе с ассистентом Александрой Колесник. С 1977 года в работу курса был вовлечён Борис Топор.
В 1987–1999 годы во главе кафедры находится к. м. н., профессор, заслуженный работник высшего образования Иван Поддубный. С 1989 при кафедре функционирует лаборатория «Биоплант» (зав. – Борис Топор), которая занимается изучением и использованием новых видов комбинированных морфоиндуктивных биопластических материалов. В это же время защищают докторские диссертации Людмила Кирошка, Николай Фрунташу, Борис Топор.
В 1999 году заведующим кафедрой избран Борис Топор, ученик профессора Валентины Парфентьевой и академика Владимира Кованова. В этот же период защищают диссертации Виорел Наку, Василий Георгицэ, Сергей Суман, Раду Туркин и Георгий Гузун.
В 2007 году была основана лаборатория «Тканевой инженерии и клеточных культур» (зав. – Виорел Наку), в которой в сотрудничестве с профессором Павел Чобану началось изучение возможностей использования различных клеточных трансплантатов для восстановления поражённых органов и тканей.
В составе кафедры работали в начале своей карьеры такие выдающиеся хирурги и учёные, как академик Георгий Гидирим, профессора Константин Лактионов, Владислав Розвадовский, Илья Банару и многие другие, которые благодаря этой кафедре получили надёжный старт для своего профессионального роста.